1、购进农产品取得小规模纳税人开具的增值税专用发票，按发票上的不含税金额和10%的扣除率计算进项税额，增值税专用发票不需要认证抵扣，如果认证了，需做进项转出。

按取得的增值税专用发票上的不含税金额×10% 填报在《增值税纳税申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细)的第6行“农产品收购发票或者销售发票”栏次。

纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工16%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，未分别核算的，以增值税专用发票上3%的增值税额为进项税额。

国家税务总局公告2017年第19号国家税务总局关于调整增值税纳税申报有关事项的公告

附件3：关于《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》及其附列资料填写说明的调整事项

第（二）项第1至3点及第（四）项第2至5点中涉及的增值税专用发票均不包含从小规模纳税人处购进农产品时取得的专用发票，但购进农产品未分别核算用于生产销售17%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额情况除外。

取得小规模开具的专票，票面价税合计减去按不含税金额×10%计算的进项税金，计入原料成本。

2、纳税人购进用于生产销售或委托加工16%税率货物的农产品，按照12%的扣除率计算进项税额。纳税人购进农产品（包括购买时取得增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票或者销售发票等情形）用于生产销售或委托受托加工16%税率货物，于生产领用的当期按2%的税率差计算当期可加计扣除的农产品进项税额，填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第8a栏“加计扣除农产品进项税额”“税额”栏。在领用时，冲减主营业务成本，计入进项税金。