2018年5月1日后，凭票扣除的情况下，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品买价和10%的扣除率计算进项税额，购进用于生产销售或委托受托加工16%税率货物的农产品按12%抵扣进项税额。

而实施农产品增值税进项税额核定扣除的纳税人（一般纳税人），以购进农产品为原料生产货物、提供服务的，计算进项税额的扣除率是所销售货物、提供服务的适用税率，即销售税率适用16%货物的，按16%计算扣除率，销售适用10%税率货物或服务的，按10%计算扣除率，销售适用6%税率服务（餐饮）的，按6%计算扣除率，

投入产出法下：

生产销售适用10%税率货物或服务的

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售货物数量×农产品单耗数量×农产品平均购买单价×10%/(1＋10%)

生产销售适用16%税率货物的

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售货物数量×农产品单耗数量×农产品平均购买单价×16%/(1＋16%)

计算农产品的平均购买单价时，按含税购买价计算，不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用。

成本法：

生产销售适用10%税率货物或服务的

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×10%/(1＋10%)

生产销售适用16%税率货物的

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×16%/(1＋16%)

生产销售适用6%税率货物或服务的

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×6%/(1＋6%)

购进农产品直接销售的，扣除率为10%。

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/(1－损耗率)×农产品平均购买单价×10%/(1＋10％)

损耗率＝损耗数量/购进数量

购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的(包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等)，其用于生产销售的货物税率为10%或16%的，增值税进项税额分别按照以下方法核定扣除：

1、用于生产销售的货物适用税率为10%的

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×10%/(1+10%)

2、用于生产销售的货物适用税率为16%的

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×12%/(1+10%)

注：有些是按 进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×12%/(1+12%)

既用于生产销售的货物适用税率为10%的，又用于生产销售的货物适用税率为16%的，应分别核算，未分别核算的，按10%计算抵扣增值税进项税。